Establishment of a DNA Extraction Protocol for Mouriri guianensis Aubl. Using the CTAB Method
Resumo
The plant DNA extraction protocol using cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) requires adjustments, particularly for species without established protocols, such as Mouriri guianensis Aubl., a tree noted for its economic, ecological, and medicinal potential. This study aimed to establish a DNA extraction protocol for Mouriri guianensis Aubl. to facilitate subsequent molecular studies. Genetic analyses were conducted on a population in the Amazon biome in the state of Mato Grosso, Brazil, using the CTAB technique. To determine the optimal protocol, variations in CTAB concentration (3% and 5%) and the presence or absence of proteinase K were evaluated. The DNA concentration and absorbance ratios were assessed by spectrophotometry, while DNA integrity was analyzed through 1% agarose gel electrophoresis and PCR amplification tests. The use of 5% CTAB enabled extraction with greater DNA integrity, although it did not affect the quantity of DNA as measured by spectrophotometry. The efficacy of the extraction was also verified through DNA amplification reactions via PCR. All samples exhibited A260/A280 ratios within the optimal range of 1.8 to 2.0, with values below 1.8 for A260/A230. The addition of proteinase K showed no significant effect on DNA integrity. The quality of the banding pattern indicates that the protocol using 5% CTAB successfully amplified DNA and is suitable for molecular studies of Mouriri guianensis Aubl.
Keywords: Nucleic Acid. Melastomataceae. PCR.
Resumo
O protocolo de extração de DNA vegetal utilizando CTAB (Brometo de Cetiltrimetil Amônio) requer ajustes, principalmente em espécies que não possuem protocolo estabelecido, como o roncador (Mouriri guianensis Aubl.). árvore com potencial econômico, ecológico e medicinal. O objetivo deste estudo foi estabelecer um protocolo de extração de DNA para Mouriri guianensis Aubl., visando estudos moleculares posteriores. Análises genéticas foram realizadas em uma população ocorrendo no Bioma Amazônia, no estado de Mato Grosso, Brasil. A extração de DNA foi baseada na técnica CTAB e para determinar o melhor protocolo foram testadas alterações na concentração de CTAB (3% e 5%) e presença e ausência de Proteinase K. A concentração de DNA e as razões de absorbância foram estimadas por espectrofotometria e sua integridade analisada por eletroforese em gel de agarose a 1% e testes de amplificação de DNA via PCR. CTAB 5% possibilitou extração com maior integridade. Porém, não influenciou a quantidade de DNA obtida por espectrofotometria. A eficiência também foi determinada por reações de amplificação de DNA via PCR. As amostras apresentaram valores dentro da faixa considerada ótima para a relação A260/A280 (1,8 a 2,0), sendo obtidos valores abaixo de 1,8 para A260/A230. A adição de Proteinase K não apresentou diferença na integridade. A qualidade do padrão de bandas apresentado demonstra que o protocolo utilizado CTAB 5% foi capaz de amplificar o DNA, podendo ser utilizado em estudos moleculares de roncadores.
Palavras-chave: Ácido Nucleico. Melastomataceae. PCR.
